Khoa Hệ thống Thông tin kinh tế được thành lập theo Quyết định số 802/QĐ-ĐHTN, ngày 11 tháng 08 năm 2011 của Giám đốc Đại học Thái Nguyên trên cơ sở Bộ môn Hệ thống Thông tin kinh tế được thành lập theo Quyết định số 63/QĐ-TCCB ngày 22 tháng 01 năm 2008 của Giám đốc Đại học Thái Nguyên. Khoa Hệ thống thông tin kinh tế là đơn vị quản lý hành chính cơ sở của Trường. Khoa Hệ thống Thông tin kinh tế đã tích cực nghiên cứu và triển khai thực hiện nhiệm vụ đào tạo và chuyển giao công nghệ theo kế hoạch của Nhà trường. Với phương châm chủ động và sáng tạo, Khoa đã từng bước phát triển cả về quy mô đào tạo cũng như chất lượng đầu ra, đáp ứng nguồn nhân lực chất lượng cao cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.
Cơ cấu tổ chức Khoa Hệ thống thông tin kinh tế: Cơ cấu của Khoa bao gồm: Ban chủ nhiệm Khoa, Hội đồng khoa học Khoa, các Bộ môn. Khoa là đơn vị thự hiện nhiệm vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học, quản lý trực tiếp đội ngũ cán bộ, giảng viên và sinh viên của Khoa.